Карл Джонсон, афроамериканец 25-ти лет вернулся в родной город после пяти лет жизни в Liberty City. Уехал он из Лос-Сантоса в 1987 году из-за трагической смерти своего братишки. Вернуться в родной город заставила смерть матери, Беверли Джонсон. Она погибла от рук подонков из вражеской банды во время драйв-боя.
На пути домой, Си Джея задерживают полицейские Фрэнк Тенпенни и его коллеги — Пуласки и Хернандез. Они обвиняют Си Джея в убийстве офицера Ральфа Пенделбери, которого они же и убили 10 минут назад. Такое обвинение Си Джея в убийстве поможет им впоследствии держать при себе киллера, убивающего людей, ненужных для них.
После разговора в служебном автомобиле, Си Джея выбрасывают в районе, находящегося под контролем банды Ballas — опасных врагов Groove Street, членами которой были Си Джей и его брат.

Штат Сан-Андреас заливает водой
Благополучно добравшись до родного дома, наш герой, при необычных обстоятельствах, встречается со старым другом — Биг Смоуком и едет с ним на похороны родной матери.
На кладбище Карл встречается со Свитом, сестрой Кендл и старым другом Райдером. С самого начала Свит агрессивно ведёт себя по отношению к Си Джею; Кендл же настроена доброжелательно. Завязалась семейная ссора, в результате которой Кендл уходит к Цезарю — главарю мексиканской банды Varrio Los Aztecas, которая соперничает с Grove Street. Собираясь разъехаться на машине по домам, на четвёрку устраивают охоту члены Ballas на машине, и им приходится спешно “ретироваться” на велосипедах.

Весь мир в GTA San Andreas поглотила вода
Но это было ровно до определенного момента. На улицах Сан-Андреаса разошелся невероятной силы ливень, который неделями льет нескончаемыми гигантскими каплями. Ливень никак не останавливается, и людям приходится пойти на отважные меры по обеспечению безопасности. Улицы города полностью затоплены, но все же некоторым горожанам совершенно плевать на это — их машины свободно циркулируют под водой, над водой проносятся самолеты, а пофигисты-машинисты прут на своих поездах сквозь воду с невозмутимым видом бывалых людей.
Единственными живыми и неунывающими обитателями штата останутся: бравый гангстер Карл Джонсон, его барышни и все тот же машинист-пофигист.